Se fundó el 1 de abril de 1908. En ese momento se decidió elegir el nombre del flamante club. El primero que surgió fue el de "Los forzosos de Almagro", pero ante la valoración negativa hecha por el padre Lorenzo Massa, se escogió el nombre de San Lorenzo, en su homenaje.

Es considerado uno de los cinco grandes del fútbol argentino, a partir del momento en que la AFAdispusiera la implementación del llamado "voto proporcional" en 1937, que consistía en darle mayor poder de decisión a aquellos clubes con mayor número de socios, antigüedad y títulos, además es el primer equipo argentino en disputar la Copa Libertadores, el primer campeón de la Copa Sudamericana y el único equipo argentino en haber ganado la Copa Mercosur.

Obtuvo 24 títulos. En el plano local ganó 15 campeonatos de Primera División, 3 en el amateurismo y 12 en el profesionalismo. Cuenta también con 2 Copas Nacionales y 2 títulos de la Segunda División. En el medio internacional, ha alzado 5 títulos, 3 de ellos a nivel confederativo e interconfederativo, y los otros dos en el ámbito rioplatense (AFA-AUF). Es el cuarto equipo más ganador del profesionalismo y también es el tercer mejor equipo de la historia de la Primera División Argentina según la clasificación histórica de está.

Su histórico rival es el Club Atlético Huracán, ubicado en el barrio de Parque Patricios, de la ciudad de Buenos Aires, con quien disputa uno de los clásicos más antiguos y convocantes de la Argentina. Los simpatizantes azulgranas lo sitúan tercero en importancia, solamente detrás del Superclásico y el Clásico de Avellaneda.

El resto de los equipos considerados grandes también son rivales históricos del club y los partidos que disputa con ellos son considerados como clásicos ya que poseen una intensa e histórica rivalidad que hace que cada encuentro que disputen los 5 grandes entre sí se viva con mayor intensidad que otros partidos.

Como particularidad, es el único club del mundo en tener su camiseta en el museo de la FIFA. En específico la camiseta usada el 16 de marzo de 2013 contra Colón de Santa Fe en honor al Papa Francisco.

La Gloriosa es el nombre que recibe la hinchada del club en su totalidad. Es conocida como la hinchada más creativa del mundo, debido a que decenas de cánticos tradicionales del fútbol argentino, usualmente inventados por diversas hinchadas a la hora de alentar a sus respectivos equipos en el juego, nacieron de la creatividad e imaginación de los integrantes de esta hinchada , y se extendieron a todo el país y, en numerosas ocasiones, al ámbito internacional.

El apodo el Ciclón fue utilizado por el periodista Hugo Marini para referirse a la contundencia con la que el equipo atacaba y ganaba por los años 30'. Las goleadas que conseguía hicieron que se lo bautizara como El Ciclón de Boedo, apodo que rápidamente copiaron muchos periodistas. Otro motivo para su inmediata difusión y aceptación fue que con él se lo opone a su clásico y eterno rival, el Club Atlético Huracán. El apodo los Cuervos es debido al color negro de su sotana a los sacerdotes jesuitas se los solía identificar como cuervos, como el club tomó su nombre del padre Lorenzo Massa, la identificación se extendió a sus simpatizantes.