Los orígenes del fútbol en Nápoles se remontan a 1904, cuando de la mano del inglés William Poths, empleado de la sede local de la compañía naviera británica Cunard Line, y de dos napolitanos, el ingeniero Emilio Anatra y el médico Ernesto Bruschini, se fundó elNaples Foot-Ball & Cricket Club. En 1906 cambió su nombre a Naples Foot-Ball Club, siendo presidente el ingeniero Amedeo Salsi. El primer partido de relieve se disputó contra la tripulación del barco inglés Arabik, que anteriormente había derrotado al galardonadoGenoa: el conjunto napolitano logró ganar por 3 a 2. El 1 de agosto de 1926 la asamblea de socios del Internaples decidió cambiarle el nombre de la sociedad, constituyendo laAssociazione Calcio Napoli. Giorgio Ascarelli, un joven industrial napolitano ya presidente del Internaples, obtuvo el cargo de primer presidente de la historia del club.

La década del 80 fue pura gloria para Napoli, tras la llegada de Maradona, el equipo ganó una liga, Copa Italia y Copa de la UEFA, convirtiendose en la década más gloriosa del equipo. Desde el 1991, año en que fue suspendido Maradona, el Napoli tuvo más tristezas que alegrías. En la temporada 1996/97 el equipo partenopeo perdió la final de Copa Italia contra el Vicenza. Y en la temporada siguiente el Napoli bajó a la Serie B tras sumar sólo 14 puntos, después de 32 años consecutivos en la A. El 1998/99 fue un desastre también, ya que el Napoli se quedó en la B y no pudo volver a la máxima división.

En el 2004, el equipo desapareció por deudas, y en agosto de ese mismo año nació el club Napoli Soccer por obra del productor cinematográfico Aurelio De Laurentiis, sobrino del mítico Dino De Laurentiis, que aportó 40 millones de euros.

En la temporada 2004/05, un refundado Napoli tuvo que comenzar jugando en la Serie C1 (tercera división), en virtud del "Lodo Petrucci". Alcanzó la tercera posición pero fue eliminado en el play-off contra el Avellino, empatando 0 a 0 de local y perdiendo 2 a 1 de visitante. Así, el Napoli debió quedarse otro año en C1.

En la temporada 2005/06 el Napoli jugó la Copa Italia y fue eliminado en los cuartos de final contra la Roma. En la liga C1, el Napoli jugó bien todo el campeonato y se mantuvo en el primer puesto durante muchas fechas. Hasta que finalmente, el 15 de abril, al ganarle al Perugia 2 a 0 con goles de Calaiò y Capparella y tras la derrota del segundo, el Frosinone contra el Chieti 3 a 0, el Napoli ascendió finalmente a la Serie B.

El 23 de mayo de 2006 se volvió a la denominación de Società Sportiva Calcio Napoli, para celebrar la promoción a la Segunda División y los ochenta años desde la fundación del equipo.

El Napoli tiene varios rivales, uno de los más importantes es la Roma, dado a su relativa cercanía, aunque en pasado las hinchadas fueron aliadas. Este encuentro comenzó a ser un clásico desde los 70. También es rival de los tres grandes equipos del Norte: la Juventus, el Inter y el AC Milan, y de equipos más modestos como el Hellas Verona o el Atalanta de Bérgamo. Los clásicos de Campania son contra el Avellino y la Salernitana, aunque estos encuentros no se disputen a menudo por la diferencia de categoría en las que juegan.

Históricamente es el séptimo club de la Serie A más exitoso y el mejor del Sur de Italia. Además es el cuarto equipo con más hinchas de toda Italia (10%) y es apoyado por más del 24% de los aficionados en el Sur del país.