Fue fundado en 1880 como St. Marks (West Gorton); luego, pasó a denominarse Ardwick A.F.C. y finalmente el 16 de abril de 1894 cambió su nombre por el de Manchester City F.C. A lo largo de su historia, el club ha ganado la Premier League en cuatro ocasiones y ha sido subcampeón en otras cuatro ocasiones. Ha ganado la FA Cup en cinco ocasiones y alcanzó otras cinco finales. Además, tiene tres Football League Cup, cuatro Community Shield y una Recopa de Europa.

Después de perder la final de la FA Cup de 1981, el club pasó por un período de decadencia, que culminó en 1998 con su descenso a la tercera división del fútbol inglés, siendo la primera vez en su historia. Después de recuperar su sitio en la Premier League el 1 de septiembre de 2008, Abu Dhabi United Group for Development and Investment, un grupo inversor de los Emiratos Árabes con Mansour bin Zayed Al-Nahyan como máximo accionista, se hizo con el control del club por unos 250 millones de euros, relevando a Thaksin Shinawatra, hasta entonces dueño del club.

El origen del club se remonta a 1880, cuando Anna Connell y dos miembros de la Iglesia de St. Marks que trabajaban en una fábrica de hierro al este deMánchester fundaron el St. Mark's. En 1887 el club se traslada a un nuevo campo en Hyde Road  y pasó a llamarse Ardwick A.F.C para reflejar su nueva localización. El Ardwick se unió a la Liga de Fútbol inglesa como miembros fundadores de la Second Division en 1892. Finalmente, problemas financieros en la temporada 1893-94 le llevaron a realizar una completa reestructuración que afectó a todos los aspectos de la institución, pasando así a llamarse Manchester City Football Club.

Contra el Manchester United disputa el Clásico de Manchester, donde tiene una gran superioridad el United.

A pesar de la fuerte rivalidad que existe en el derbi en la actualidad, ambos equipos solían ser llamados simplemente Manchester, sobre todo en los 60s cuando la simpatía de ambos clubes se extendía a lo largo de la ciudad. Además poseen un lazo único donde en varias situaciones la unidad y solidaridad han unido la ciudad. El clásico también es popular en el exterior, un ejemplo de esto fue la victoria del City por 2 a 1 en el partido de ida por la semifinal de la Carling Cup, cuando 8,3 millones de personas vieron el partido por televisión. Los simpatizantes del United reclaman que el Manchester City nunca ha ganado ni una Liga de Campeones de la UEFA, mientras que los fanáticos del City recuerdan al los "Diablos Rojos" el resultado de 1-6 a favor de los citycents, siendo esta la mayor goleada que el Manchester United sufrió en el Old Trafford.