Se originó en el barrio de Monserrat el día 1 de enero de 1905, aunque la institución ya estaba organizada desde el 4 de agosto de 1904.

Es considerado como uno de los cinco grandes de Argentina. El clásico rival de Independiente es Racing Club, con quien juega el Clásico de Avellaneda, dominado ampliamente por el Rojo con una diferencia de 23 partidos ganados a favor. El resto de los cinco grandes, los cuales son River Plate, Boca Juniors, y San Lorenzo, también son rivales históricos del club y los partidos que disputa con ellos también son considerados como clásicos.

 Ganó 16 campeonatos locales de Primera División, de los cuales 14 fueron logrados en el profesionalismo del fútbol argentino. Cuenta también con 10 copas locales argentinasy, en el ámbito internacional, ha alzado 18 títulos internacionales, 16 de ellas a nivel continental e intercontinental, posicionándose con estos logros como uno de los clubes más ganadores del mundo. Dichos logros internacionales le valieron el reconocimiento de ser llamado "Rey de Copas", siendo el club argentino, sudamericano, e incluso del mundo, con más logros internacionales durante décadas. Su última conquista fue la Copa Sudamericana 2010. Posee el inédito récord de ser desde hace 42 años el máximo campeón de América, habiendo conquistado siete veces de la Copa Libertadores de América y en tres ocasiones la Copa Interamericana, siendo además: el primer equipo de Argentina en conquistar la Copa Libertadores, el primero en coronarse campeón invicto y el único en ganarla cuatro veces seguidas. Ganó también dos Supercopas Sudamericanas, y una Recopa Sudamericana.

Cómo máximos logros a nivel mundial, además, ganó en dos ocasiones la Copa Intercontinental, predecedora de la actual Copa Mundial de Clubes de la FIFA, que lo posicionaron de facto como campeón mundial; en 1973 derrotando a la Juventus de Italia, y en 1984, derrotando al Liverpool de Inglaterra. Cabe destacar que en 1975 no disputó la final del título porque el Bayern Múnich de Alemania rechazó jugar la definición.

Su máximo goleador, el delantero paraguayo Arsenio Erico, es también el máximo goleador de la Primera División Argentina, con 295 goles anotados. Es también dueño de la transferencia más grande del fútbol argentino al exterior, con la venta de Sergio Agüero al Atlético de Madrid español por 28 millones de dólares en 2006. La cifra ascendió a más de 30 millones de dólares en 2011 por la posterior venta del 'Kun' alManchester City de Inglaterra, correspondiéndole a Independiente los derechos de formación.