En 1905, un grupo de aficionados al fútbol decidió alejarse del Club de Gimnasia y Esgrima, una institución de origen y tradición en la alta sociedad platense,21 por desacuerdos con las decisiones que su directiva había tomado concernientes a ese deporte para crear un nuevo club en La Plata. Así, el 4 de agosto de 1905, en la zapatería «Nueva York» de la calle 7 entre 57 y 58 de la ciudad de La Plata, se fundó el entonces llamado «Club Atlético Estudiantes». Su primer presidente, Miguel Gutiérrez, fue elegido la noche de la constitución del acta fundacional, redactada por el primer socio de la entidad, Alfredo Lartigue. Tomó el nombre de «Club Atlético Estudiantes» debido a que sus socios fundadores eran estudiantes universitarios.

Su mayor logro deportivo lo obtuvo en 1968, cuando se consagró campeón del mundo al derrotar alManchester United de Inglaterra en la final de la Copa Intercontinental. Estudiantes está en el grupo de los únicos seis equipos argentinos que han ganado el máximo campeonato de clubes de fútbol a nivel mundial.También disputó las finales de esa copa en 1969, 1970 y 2009, en esta última bajo el nuevo formato de Mundial de Clubes de la FIFA. 

Comenzó su actividad futbolística en 1906, al incorporarse a los torneos de AFA, y es el único club de la ciudad de La Plata en haber obtenido títulos oficiales nacionales e internacionales, de carácter regular, en la era profesional. Ha ganado cinco campeonatos de Primera División del fútbol argentino y, a nivel internacional, en cuatro ocasiones la Copa Libertadores de América, por lo que es el tercer conjunto argentino que más veces la obtuvo; y el cuarto a nivel continental. En adición, es el club de mayor efectividad en la historia de esta competencia entre aquellos que disputaron más de una edición.

Además de ser la institución que rompió la hegemonía de títulos nacionales de los denominados «cinco grandes» en 1967, ganó la Copa Interamericana 1969; dos copas nacionales no regulares: la Copa Escobar1944 y la Copa de la República 1945; y un torneo nacional durante la era amateur, en 1913. También disputó el partido definitorio de la Copa Libertadores 1971, Sudamericana 2008 y Recopa Sudamericana 2010, totalizando, hasta hoy, doce finales a nivel internacional.

Estudiantes se encuentra entre los cinco equipos del fútbol argentino con más presencias en Primera División (85 temporadas). Y en abril y mayo de 2010 se ubicó en el 2. do puesto en la clasificación mundial de clubes de la IFFHS, siendo uno de los equipos argentinos considerado por la FIFA como «club clásico».

Con la obtención de la Copa Libertadores 2009, se convirtió en el cuarto equipo más laureado del fútbol sudamericano en esta competicióny disputó por primera vez en su historia la Copa Mundial de Clubes, en los Emiratos Árabes Unidos, donde fue finalista y el segundo equipo argentino en alcanzar esta instancia internacional.

Los seguidores de Estudiantes se apodan «Pincharratas», debido a la existencia de muchos simpatizantes, estudiantes de Medicina, que solían hacer experimentos con ratas en su actividad académica, aunque existen otras dos versiones que intentan ahondar en el origen del apodo. El club se identifica con el león como mascota oficial.

Su máximo rival es Gimnasia de La Plata, con el que disputan el Clásico de La Plata. Desde 1931, por torneos oficiales de Primera División organizados por la Asociación del Fútbol Argentino en el profesionalismo, se han jugado 155 partidos: Estudiantes ha ganado 56; Gimnasia se ha impuesto en 45; y han empatado 54 veces. 

Estudiantes registra a su favor las mayores goleadas a lo largo de la historia en los enfrentamientos ante su clásico rival de La Plata. Las goleadas que más se recuerdan son la segunda rueda del Campeonato de Primera División de 1948, por 6-1; la victoria como visitante, también por 6-1, del Metropolitano 1968; el triunfo por 5-1, en el estadio de 57 y 1, por la primera ronda del Nacional de 1971; y el 7-0 del 15 de octubre de 2006, por la 11.ª fecha del Torneo Apertura, estableciendo el resultado de mayor diferencia en la historia del clásico platense.

Su peor derrota, en tanto, se produjo durante el Campeonato de 1963, cuando cayó por 5-2 en el estadio de Gimnasia; y como local, el 20 de abril de 2003, por 4-2, en el Torneo Clausura de ese año.