Su nombre original es Sociedad Deportiva Éibar-Eibar Kirol Elkartea, fue fundado en 1940, fruto de la fusión del Deportivo Gallo y la Unión Deportiva Eibarresa, tomando el nombre de Éibar Fútbol Club. En 1922 nace la Unión Deportiva Eibarresa y en 1932 se funda el Deportivo Gallo. Finalizada la Guerra Civil, en 1940 deciden fusionarse ambos clubs y crear el Éibar Fútbol Club. Posteriormente el nombre cambió al de Sociedad Deportiva Éibar y finalmente al nombre bilingüe español-vasco Sociedad Deportiva Éibar-Eibar Kirol Elkartea para en 2015 convertirse en SD Eibar como nombre comercial oficial en castellano, euskera e inglés.

Es el equipo que más años consecutivos ha permanecido en la Segunda División, con un total de 18 y también es el primer club de fútbol europeo que cuenta con el certificado de calidad UNE-EN-ISO 9001.

En la temporada 2014/15 sufrió el descenso a la Segunda división tras quedar en el puesto 18, pero debido al descenso administrativo del Elche pudo retomar a la máxima categoria, participando por segunda vez de la Primera división (siendo la 2014/15 la primera).

Tras 3 temporadas sin equipo filial, en la temporada 2015/16 la SD Eibar llega a un acuerdo con el CD Vitoria, equipo recién ascendido a Tercera División, para que sea su equipo filial, el acuerdo es por una temporada existiendo la posibilidad de prorrogarlo anualmente.

Es un equipo vasco y al tener poca historia en el fútbol de alta competitividad español no tiene un clásico definido, a pesar de que el Atlethic y la Real Sociedad sean de la misma localidad.