Fue fundado el 3 de abril de 1905 por seis vecinos adolescentes, hijos de italianos. Participa de la Primera División de fútbol desde 1913 y, a partir del Torneo Inicial 2013, se convirtió en el único club que disputó todas las temporadas en Primera División desde el comienzo del profesionalismo en 1931. Además, es el equipo con mayor cantidad de partidos disputados en Primera División en la historia del fútbol argentino. A partir del 8 de junio de 2015, Boca Juniors batió el récord de mayor permanencia ininterrumpida en Primera División, con 37.312 días. 

Es considerado uno de los denominados cinco grandes del fútbol argentino, a partir de que la AFA dispusiera la implementación del llamado «voto proporcional» en 1937, que consistía en darle mayor poder de decisión a aquellos clubes con mayor número de socios, mayor antigüedad y mayor cantidad de títulos. Es el único de los cinco grandes que nunca ha descendido de Primera División.

Junto con River Plate protagoniza el denominado Superclásico del fútbol argentino, un evento que según el periódico inglés The Observer está en el primer puesto entre los 50 espectáculos deportivos que hay que ver antes de morir, mientras que el también británico The Sun lo describe como la «experiencia deportiva más intensa del mundo». Asimismo, según diversas encuestas, es el club más popular de Argentina (40,4 %) y el quinto con mayor cantidad de simpatizantes en todo el mundo. Es por esto, que sus hinchas se autoproclaman como «La Mitad Más Uno». Además, es la institución deportiva con más socios de Argentina, y de toda América Latina, con más de 143 000 asociados.

A nivel local, Boca Juniors cuenta con 31 campeonatos de liga de Primera División y 12 Copas Nacionales, entre las que se destacan tres Copas Argentinas. También posee un título honorífico de la era amateur: la Copa de Honor, obtenida en 1925, un reconocimiento de la AFA a su exitosa gira por Europa de ese año.

A nivel internacional, es el club con más títulos oficiales en el mundo (22), entre los cuales posee 18 a nivel confederativo e interconfederativo (FIFA y Conmebol) y 4 copas rioplatenses (AFA-AUF). Asimismo, es el máximo campeón de la Copa Intercontinental (3) a nivel mundial, junto con Peñarol, Nacional, Milan y Real Madrid. Además, es el club de América con más finales de copas internacionales confederativas con 27.

La CONMEBOL lo considera el club más grande de América, sobre la base de un ranking organizado por dicha entidad, teniendo en cuenta en otras cosas, el coeficiente histórico en todas las competencias.

La Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol (IFFHS) en su Clasificación histórica del Ranking Mundial de Clubes lo distinguió como el Mejor Club de Sudamérica del Siglo XXI.

Asimismo, fue elegido «el club más legendario en la historia de América» según la prestigiosa revista alemanaKicker, quien ubicó al equipo xeneize en la octava posición a nivel mundial, siendo la única institución del continente dentro del top ten. Además, es considerado por la revista inglesa FourFourTwo como «el club de fútbol más emblemático del mundo".

La calificación de la 12 que se ganó la parcialidad de Boca Juniors data del año 1925, con motivo de la gira europea que realizó ese año. En esa oportunidad, el equipo fue acompañado por un fanático boquense, Victoriano Caffarena, perteneciente a una familia adinerada, que financió parte de la gira. Durante la misma Caffarena ayudó al equipo en todo: hizo de técnico, de delegado y de masajista, estableciendo tal grado de relación con los jugadores, que éstos los nombraron «Jugador Número 12». Al volver a la Argentina, Caffarena era tan conocido como los mismos jugadores. Desde entonces, y ya recibido de notario, Caffarena dedicó el resto de su vida a apoyar a Boca, creando la agrupación barrial Amigos de la República de La Boca.