Fue fundado el lunes 19 de marzo de 1905 por Arturo Orgaz y recibe su nombre en honor al general Manuel Belgrano, prócer y creador de la bandera Argentina. Es conocido como el Pirata.

El color que lo identifica es el celeste, con detalles blancos, con los cuales fueron diseñados el escudo y la casacadeportiva haciendo alusión a los colores patrios.

Comenzó su actividad futbolística en 1913, siendo parte de la Liga Cordobesa de Fútbol donde disputó sus primeros campeonatos organizados y hasta la fecha de hoy, es el equipo cordobés más ganador con 31 consagraciones.

Su momento de mayor trascendencia mundial fue a mediados de 2011 cuando ascendió nuevamente a la máxima categoría, al derrotar en la Promoción a River Plate. Tras ese logro, se consolidó de tal manera en la Primera que salió cuarto en el Apertura 2011 y tercero en el Inicial 2012, con el mérito de igualar en puntos, en ambos casos, al subcampeón aunque con peor diferencia de gol. Con esta última campaña, al cosechar 36 unidades, se transformó en el equipo de Córdoba con la mejor campaña realizada en la historia de los torneos cortos.

Su clásico rival es Talleres, con quien protagoniza el Clásico Cordobés, con 389 partidos disputados (contando partidos oficiales y amistosos) y una leve ventaja a favor de Belgrano en el historial. También tiene rivalidad conInstituto con quien disputa el segundo clásico más importante de Córdoba.

Belgrano es el tercer club indirectamente afiliado en jugar copas internacionales y junto con Talleres, el que más copas internacionales jugó en Córdoba.

En 2001, luego de la segunda asunción de Gregorio Ledesma como presidente del club, se dio a conocer que el pasivo del mismo llegaba a los 20 millones de pesos y que sostenerse en primera poco le ayudaba ya que los ingresos por publicidad estaban en manos de los acreedores. Gracias a la Ley 25.284 que salvó a Racing Club de la misma situación, Belgrano hacia 2002, pasó a ser dirigido por un gerenciamiento nacido del fideicomiso recientemente formado. El club dejaba de ser propiedad de los socios por primera vez en 97 años.

A Belgrano le dicen "El Pirata" debido que en la década del 60 los hinchas de Belgrano saqueaban cada pueblo o ciudad en los que Belgrano tuviera un compromiso deportivo. Otro rumor dice que al apodo se lo pusieron los hinchas de Racing de Córdoba debido que en un encuentro los hinchas "celestes" les robaron los trapos y le gritaron Piratas. También se cree que le dicen "piratas" porque en sus comienzos como su estadio era precario y no contaba con buenas instalaciones , los celestes salian a pedir "prestado" a vecinos y baldios materiales improvisados para poder jugar el partido. luego los devolvian.