Fue fundado el 27 de septiembre de 1907 y es conocido popularmente como El Verdinegro o El Santo. Es el equipo más ganador de campeonatos en el torneo local de la provincia de San Juan. Fue creado por un grupo de jóvenes socios del club Atlético de la Juventud (hoy Atlético de la Juventud Alianza). Un grupo de jóvenes entusiastas y amantes del fútbol se reunió con un fin: crear al Club Atlético San Martín.

Bautizaron al club con el nombre de San Martín, en honor a uno de los próceres más importantes de Sudamérica, y eligieron los colores negro y verde; el primero porque ellos eran ¨los negritos¨ y el segundo porque es el color de la esperanza. El club mantuvo siempre los colores verde y negro en su escudo y camiseta. El acta de fundación se realizó en la peluquería de Don Octavio Alcotta quien fue elegido como primer presidente honorario; el primer titular del club fue Don Amador Navarro.

Su clásico rival es Juventud Alianza aunque los años fueron afianzando a Sportivo Desamparados como una especie de clásico. También tiene una moderna rivalidad con el club mendocino Godoy Cruz, con quien juega el Clásico de Cuyo. En el Apertura 2011, se volvieron a enfrentar gracias al retorno de San Martín a la Primera división del fútbol argentino, dicho encuentro se disputó el día Miércoles 26 de Octubre en el Estadio Mundialista de Mendoza, donde el equipo verdinegro llevó un marco de público aproximadamente 7 500 personas, teniendo en cuenta que el número podría haber sido mayor pero debido a la negligencia policial de la policía Mendocina muchas personas no pudieron presenciar el encuentro. El resultado final fue un 2 a 2 con goles de Penco y Raúl Saavedra para el verdinegro y dos goles de Ramírez para el Tomba.

De todas formas, para los hinchas de más edad los clásicos rivales son Club Atlético de la Juventud Alianza y Club Sportivo Peñarol, el primero porque antes de su fusión, en 1973, era el club de fútbol más antiguo de San Juan junto con San Martín, y el segundo era denominado el "Clásico de Pueblo Viejo" ya que su cancha se encontraba muy cerca del Estadio Ingeniero Hilario Sánchez. Cabe destacar que estos duelos perdieron importancia en los últimos años.

Por todos sus logros este equipo se lo considera como el más grande de la provincia de San Juan, ya que es el único de esta provincia que le pudo ganar a todos los denominados grandes del fútbol argentino.