Según afirma la propia institución, sus orígenes se remontan al Quilmes and Polo Club fundado por residentes británicos alrededor de 1880, que en noviembre de 1887pasó a llamarse Quilmes Rovers Athlétic Club. El 5 de noviembre de 1897, por iniciativa del presbítero anglicano Joseph Thomas Stevenson, se funda el Quilmes Cricket Club, a partir de 1900 (desde su afiliación a la Argentine Association Football League, antecesora de la AFA) llamado Quilmes Athlétic Club.

El historiador Jorge Gallego, del Centro para la Investigación de la Historia del Fútbol (CIHF), discrepa con esta parte de la historia. Afirma que «el Quilmes Cricket Club, fundado el 5 de noviembre de 1897, llamado Quilmes Athlétic Club desde el 14 de octubre de 1901 y, finalmente, Quilmes Atlético Club a partir del 17 de abril de 1952, fue una entidad nueva; no se originó como producto de una fusión, escisión o cambio de nombre de centros anteriores», basado en periódicos y documentos de la época. Afirma también que a finales de los años 1940 se retrocedió el origen de 1897 a 1893 y, más tarde, de 1893 a 1887. De todas formas, aún considerando una fecha de fundación diez años más tardía, Quilmes sigue siendo el club de más antigua afiliación a la AFA aún en existencia. Siendo el decano del fútbol argentino.

La hinchada de Quilmes es llamada “Indios Kilmes”, en conmemoración a la tribu que habitaba en el Valle Calchaquí ubicado entre las provincias de Tucumán yCatamarca. Esta tribu se enfrentó a los colonizadores españoles. Fue la última tribu en ser doblegada por los conquistadores.

Su clásico rival es Argentino de Quilmes, equipo de la misma ciudad, con el que disputan el clásico quilmeño. Este enfrentamiento no se realiza hace mucho tiempo debidoa la distancia de divisiones entre los equipos. También mantiene una fuerte rivalidad con Banfield y Lanús. Además la hinchada de Quilmes, fue la primera en arrojar papelitos en un estadio de fútbol, fue en un partido contra Banfield en el Florencio Sola, en el cual Quilmes ganó 1-0 con gol de Ángel Del Moro. Uno de los protagonistas de esta movida fue un vecino llamado Hipólito Irigoyen, quien en diálogo con El Sol de Quilmes contó: "Fui a la Cervecería Capitti a pedir etiquetas que no usasen. Me dijo que tenían disponibles 90 millones y se sorprendió cuando le pedí todas porque pensábamos utilizarlas en los distintos partidos”. "El 19 de agosto fuimos a Banfield con el que siempre hubo una enorme rivalidad. Ellos, los del Taladro, decían que no nos iban a dejar tirar las etiquetas o que en todo caso se encargarían de quitárnoslas. Es cierto que se apoderaron de algunas, pero nosotros fuimos precavidos. Todo el mundo se encargó de llevarlas en cualquier medio disponible, e incluso sobre la tribuna visitante, con un alambre y un gancho, fuimos distribuyendo las etiquetas entre los hinchas. Cuando los de Banfield se avivaron, era tarde. Quilmes salió a la cancha y fue una nube de etiquetas que durante varios minutos cubrió el cielo del estadio banfileño. Habíamos distribuido cerca de 2.100.000 etiquetas", recordó el hincha.