Fue fundado el 1 de febrero de 1914 por el Presbítero Bartolomé Grella quien lo consideró como una eficaz herramienta para acercar a los niños del barrio a la catequesis.

Los clubes con los que tiene una clásica rivalidad deportiva son el Club Atlético Paraná, de la misma ciudad, con el que conforman el clásico paranaense y el Club Gimnasia y Esgrima, de Concepción del Uruguay, con el que disputa el clásico de la provincia de Entre Ríos. Con Gimnasia el primer enfrentamiento tuvo lugar en 1978 por el Torneo Regional (clasificatorio al Torneo Nacional). Fue el 19 de febrero de ese año, y fue victoria para Patronato como visitante por 5 a 4. Tan sólo una semana después se disputaría la revancha, en la que volvió a ganar el equipo paranaense, esta vez como local, por 1 a 0. Luego se continuarían encontrando esporádicamente en la disputa de los viejos Torneos del Interior y del Torneo Argentino A. En 1998 comenzaría un paréntesis por el ascenso de Gimnasia a la Primera B Nacional, que se prolongaría por diez años por el posterior descenso de Patronato al Torneo Argentino B. En 2008 y 2009 vuelven a encontrarse en el mismo grupo, asegurando cuatro enfrentamientos en cada temporada.

Frente al Club Atlético Paraná, ha disputado numerosos partidos por la Liga Paranense de Fútbol y solo algunos en el marco de un torneo a nivel nacional, ya que a lo largo de la historia se han encontrado compitiendo en distintas categorías. Siendo en la temporada 2002/03 del Torneo Argentino B la primera vez que se enfrenta a nivel nacional, así también se midieron en la temporada 2003/04 y 2005/06 de mecionado torneo. Durante la temporada 2015 se enfrentan en la B Nacional por primera vez, siendo Patronato el ganador de ambos partidos (2-0 y 2-1).

La otra gran rivalidad del rojinegro es contra el Club Sportivo Urquiza por conflicto entre hinchadas y definiciones apasionantes del torneo de la Liga Paranaense de fútbol. Si bien Sportivo no es su clásico, hay una gran rivalidad entre estos clubes.