Fue fundado en 1876 por miembros del Middlesbrough Cricket. El equipo también es conocido en Inglaterra con el nombre de The Boro. Los jugadores del equipo de Middlesbrough Cricket formaron el club de fútbol originalmente para permanecer en buena forma durante el invierno. Ganaron la FA Amateur Cup en 1895 y nuevamente en 1898. El club se volvió profesional en 1889, pero se declaró otra vez “Amateur” en 1892. Regresando a ser profesional definitivamente en 1899. Después de tres temporadas, ganaron la promoción a la primera división, donde permanecerían por los siguientes 22 años.

En 1903 el club se trasladó al estadio de Ayresome Park, su hogar por los siguientes 92 años.

Tras 128 años en los que le tocaron más tristezas que alegrías, el Boro llenó de euforia a sus seguidores al conquistar la Copa de la Liga, el primer y hasta aquí único título de su historia. En la final derrotó a Bolton Wanderers por 2 a 1 en el Millennium Stadium de Cardiff.

Los rivales principales del club son Newcastle United, Sunderland y Leeds United. Aunque sus rivales más cercanos son el Hartlepool United y Darlington, estos dos clubes pasaron la mayoría de sus historias en las ligas tercera y cuarta, por lo que los partidos con ellos son infrecuentes. Sin embargo las raras ocasiones en que los equipos se enfrentaron, fueron muy intensos y con encuentros violentos entre las hinchadas.

La mejor posición del club en la liga hasta la fecha es tercero en la temporada 1913-14. Y ha pasado solamente dos temporadas fuera de las dos divisiones principales.

El club estuvo cerca de desaparecer en 1986 después de atravesar severas dificultades financieras. Un miembro del consejo salvó al club y lo condujo entonces. No es otro que el presidente actual Steve Gibson.