Existen varias versiones sobre los orígenes del club. La más aceptada indica que el Club Lanús surge de la propia convocatoria que un vecinos caracterizados hiciera a los efectos de satisfacer necesidades insatisfechas. Finalmente fue fudado el 3 de enero de 1915, siendo un lugar social para realizar actividades deportivas y despejar a la población de la zona.

El nombre proviene originalmente de Anacarsis Lanús, quien llega desde Francia en 1854 y adquiere los terrenos donde hoy se erige la zona céntrica de la ciudad. Fundó un pueblo con su nombre, Lanús, en las afueras de la ciudad de Buenos Aires, que hoy es uno de los partidos más poblados del Gran Buenos Aires y en donde se encuentra el Club Atlético Lanús.

Dos instituciones utilizan el nombre previamente. Por un lado, el Lanús Athletic Club, que en 1897 comienza a participar del joven torneo de Primera División, aunque lo abandona en 1899. Más tarde, aparece el club Lanús United, que participa de la Copa de la Federación Argentina en los años 1913 y 1914.

En 1949 el club esciende por primera vez en su historia a la segunda división del fútbol local, tras una polémica definición frente al Club Atlético Huracán. A pesar de la mala campaña, logra un histórico triunfo frente a Boca Juniors; tras ir perdiendo 3-0 al término del primer tiempo, logra dar vuelta el marcador y gana 4-3. Juan Héctor Guidi, futuro ídolo de la institución, hace su debut en el equipo.

El primer rival histórico de Lanús ha sido Talleres de Remedios de Escalada. Ambos equipos comienzan militando en Primera División desde el comienzo del profesionalismo, en 1931. Se enfrentan por última vez en el año 1992 en el Nacional B, previo al último ascenso del Granate. Dado que Talleres nunca retorna a Primera División (muy por el contrario, desciende a la Primera B Metropolitana, y luego a la Primera C), no se vuelven a enfrentar desde entonces.

A partir de la década de 1990, el rival más importante del Club Atlético Lanús es el Club Atlético Banfield, con quien disputa el "Clásico del Sur". Es un enfrentamiento de gran importancia para ambas parcialidades, ganando trascendencia con la presencia de ambas instituciones en la máxima categoría, que solo se interrumpió entre 2012 y 2014 cuando el taladro jugó en segunda división. Esta rivalidad es motivada principalmente por la cercanía geográfica entre la ciudad de Lanús y la localidad de Banfield.

Existe una amistad entre las hinchadas de Lanús y Colón de Santa Fe, y es una de las más importantes en el fútbol argentino. Una versión sobre su origen explica que la amistad surgió en los años 70 y 80, cuando ambos jugaban en la Primera y en la B, en forma alternada. Como ambos clubes se cruzaban seguido en estas dos divisiones casi simultáneamente, ambas barras bravas se veían seguido y comenzaron a compartir comidas típicas. Esta versión sostiene que la brarra brava granate, es la única que pudo ingresar en el barrio Fonavi, que se encuentra detrás del estadio sabalero, además de hacer flamear una bandera granate en el mástil central de la plaza del barrio, junto con una bandera rojinegra, como prueba de la amistad.

También hay afinidad de los hinchas de Lanús con los de Godoy Cruz Además de los clubes antes mencionados existe una relación de respeto entre las hinchadas de Chacarita y el granate, por último existe una buena relación con Instituto de Córdoba.