Fue fundado el 21 de enero de 1896 por habitantes de esa ciudad, de origenbritánico (ingleses, en su mayoría, y algunos escoceses e irlandeses).

En 2009 obtuvo su primer título de la máxima categoría, al consagrarse campeón del Torneo Apertura. También logró una copa nacional oficial durante la era amateur (la Copa de Honor Municipalidad de Buenos Aires, conquistada en 1920) y 10 títulos en Segunda División, contabilizando los logrados en ambas eras.

En 1940 Florencio Sola renovó totalmente al equipo. Con jugadores como Rafael Sanz, Eduardo Silvera, Juan Bautista Busuzzo, Alfredo De Terán, Armando Farro y otros, Banfield hizo una sorprendente campaña y atípica para clubes recién ascendidos, por lo que el diario "El Pampero" bautizó al equipo con el nombre de "El Taladro", ya que taladraba a todos sus rivales, apodo que pasó a la historia como el seudónimo oficial de la institución.

Es uno de los clubes de fútbol más antiguos de Argentina. En la segunda mitad de la década de 1880, muchas familias británicas se establecieron en la localidad de Banfield, ubicado a 14 millas al sur de Buenos Aires. Estas familias, con sus casas de estilo Inglés y la dinámica social victoriana, dieron a los suburbios un perfil claramente británico. La historia del club comenzó el 21 de enero de 1896, cuando un grupo de profesionales y comerciantes ingleses residentes en Banfield decidieron fundar un club al que llamaron después de que el pueblo, que había sido nombrado después de la estación de tren, establecida en 1873, que a su vez fue nombrado después de Edward Banfield, el primer gerente de Great Southern Railroad Company.

Su máximo rival es Lanús, con el que protagoniza el Clásico del Sur de Buenos Aires.  La rivalidad entre el Taladro y el Granate, se alimenta principalmente por la cercanía entre ambos, que hace que el encuentro sea disputado como un importante enfrentamiento deportivo entre el partido de Lomas de Zamora (Banfield es su club más importante) y el partido de Lanús. Si bien el enfrentamiento deportivo siempre existió, ambas instituciones tenían relaciones amistosas hasta la década de 1980, momento en el cual el crecimiento de ambos clubes los convirtió en los equipos más representativos de la Zona Sur, y como consecuencia acrecentó la rivalidad.