El Atalanta Bergamasca Calcio fue fundado el 17 de octubre de 1907. El 20 de febrero de 1920, se fusiona con otro club de la ciudad de Bergamo, llamado Bergamasca. En el año 1937, debuta en la Serie A. Desde entonces se alternaron periodos de estabilidad en el fútbol de elite con fases de oscilación entre la Serie A y la Serie B. El mejor puesto lo logró en 1948, cuando terminó quinto.

En la temporada 62-63 más precisamente el 2 de junio de 1963, gana su primer y único título, la Copa de Italia.

Su clásico rival es el Brescia Calcio debido a que es un equipo vecino, pero además es rival de poderosos equipos como Nápoles, Torino, Genoa, Lazio, Fiorentina, Roma, Inter de Milán, Hellas Verona y el Milan. Pero posee una duradera amistad con el Ternana Calcio.