Nació el 3 de octubre, En el otoño de 1909, Emilio Arnstein, un checo originario de la región de Bohemia, dio el impulso definitivo para la fundación del Bolonia, labor en la que contó con la inestimable ayuda del suizo Louis Rauch y de los italianos Leone Vicenzi y Arrigo Gradi. Para que el nuevo club viera la luz resultó decisivo el patrocinio de Carlo Sandoni, del Círculo Turístico Boloñese. Uno de los fundadores y primer jugador extranjero del equipo "rossoblu" fue Antonio Bernabeu hermano de Santiago Bernabeu presidente del Real Madrid. En la temporada 24-25 gana su primer scudetto. En los años 30 el equipo vivió su "edad de oro", consiguiendo varios scudettos y dos copas Mitropa. Posteriormente siguió cosechando éxitos deportivos, el último la copa Intertoto en 1998. En su historia, el club ha ganado el campeonato de la liga italiana siete veces, convirtiéndose en el sexto equipo más exitoso en la historia de la liga.

Durante los años 80 el equipo pasó por una profunda crisis llegando a perder dos veces la categoría y jugar en la Serie C1. El club fue refundado en 1993. Poco tiempo después volvió a la serie A.

Su clásico rival es el Parma, jugando el derby dell'Emilia. La rivalidad se produce ya que Parma y Bolonia son las dos ciudades más grandes de la zona Emilia-Romagna y ambos son los dos clubes de fútbol más exitosos en la región, aunque Reggiana y Módena, respectivamente, son vistos como dos rivales más cercanos para cada club.